Oje, armes Mäuschen
Ich wünsche Molly gute und schnelle Besserung

und dass auch du dich wieder ein bisschen entspannen kannst! Ich kann gut verstehen, dass dir ihr schlimmer Zustand von heute Morgen noch nachhängt, aber jetzt scheint es ihr ja schon etwas besser zu gehen.
B.t.w., auch die Medikamentenverabreichung wird besser funktionieren, wenn du überzeugt und beherzt an die Sache herangehst. Sie muss die Medis nehmen und es wird auch gut funktionieren!
Wenn Molly gelegentlich Bindehautenzündung hat und auch gerne mal hustet und nießt, wäre es vielleicht angesagt, einen Augen-, Nasen- und Rachenabstrich auf die Erreger des Katzenschnupfens untersuchen zu lassen. Dann hast du Gewissheit. Du kannst zwar nicht verhindern, dass sie immer wieder mal einen Schub bekommt, aber du kannst das Immunsystem stärken und somit die körpereigene Immunabwehr dabei unterstützen, die Erreger besser in Schach zu halten.
Mach' dir bitte wegen des Calicivirus nicht solche Sorgen. Wenn Molly infiziert wäre, dann ist sie das wohl schon länger und dann ist es offensichtlich ein FCV-Stamm, der nicht solche schlimmen Krankheitszustände verursacht.
Zur Kompostfrage: Die Infektion erfolgt in der Regel durch direkten Körperkontakt bzw. über das Sekret. Calici wird auch über den Kot übertragen, aber den Kot wirst du ja nicht kompostieren.